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医療 medicine

Principal investigator

重田 育照

Shigeta Yasuteru

計算科学研究センター
Center for Computational Sciences
+9
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ゼロからの創薬では遅すぎる!
スパコンの仮想生化学実験で、効く薬の候補を高速発見

ゼロからの創薬では遅すぎる!
スパコンの仮想生化学実験で、効く薬の候補を高速発見

Drug discovery from scratch is too late
Identifying potential candidates faster through virtual biochemical experiments using supercomputers


世界で毎日5千人以上が亡くなる(7/1現在)新型コロナウイルス感染症の治療薬開発は一刻を争います。安全性試験、薬効試験を多くの被験者で行う通常の創薬プロセスをショートカットする有望な方法は、新型コロナウイルス感染症に効く既存の薬剤を見つけることです。スーパーコンピュータを使えば計算機の中で、薬の効き方を精密に調べられ、沢山の薬の候補のなかから有望なものを絞り込めます。ナノサイズの新型コロナウイルスの衣(タンパク質)に薬剤候補が薬効発揮のためにどう結合するかを、生化学実験で調べるのは技術的にとても困難です。また、実験のためのサンプルがとても沢山必要です。その困難を私たちはスパコンシミュレーションで乗り越えます。

As more than 5,000 people worldwide die from COVID-19 infection every day (as of July 1), the development of therapeutic drugs for this infection is needed urgently. A promising method to shorten the standard drug discovery process, requiring safety and efficacy studies involving large numbers of subjects, is to identify existing drugs that are also effective for COVID-19 infection. The use of supercomputers enables us to examine drug actions more precisely and narrow down the promising ones from many candidates. It is technically difficult to investigate how candidates bind to the nanosized COVID-19 coat (protein) and exert their actions through biochemical experiments. These experiments also require many samples. We aim to overcome such difficulty using supercomputer simulations.

Project Name
高精度計算創薬科学
High-precision calculation-based drug discovery science
Keywords
ドラッグリポジショニング、統合型創薬研究、ドッキングシミュレーション、分子動力学シミュレーション、フラグメント分子軌道法
Drug repositioning, Integrated drug discovery, Docking simulation, Molecular dynamics simulation, Fragment molecular orbital method.
Collaborators
広川 貴次(医学医療系・産総研)
Hirokawa Takatsugu, Faculty of Medicine / AIST
吉野 龍之介(医学医療系)
Yoshino Ryunosuke, Faculty of Medicine
原田 隆平(計算科学研究センター)
Harada Ryuhei, Center for Computational Sciences
Kowit Hengphasatporn(計算科学研究センター)
Kowit Hengphasatporn, Center for Computational Sciences
Project Web Site
Related Link
日本語サイト
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/depart_intro/depart_life/biological/
英語サイト
https://www.ccs.tsukuba.ac.jp/eng/research-divisions/division-of-life-sciences/biological-function-and-information-group/
Contact
shigeta [at] ccs.tsukuba.ac.jp
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